La cofradía estaba regida por dos mayordomos que eran nombrados anualmente. Se completaba la junta directiva con los cargos de secretario y tesorero de los que desconocemos durante cuanto tiempo podrían ejercer el cargo.

Una vez finalizada la celebración de la misa de la festividad del Domingo de Ramos, tenía lugar la celebración de la Junta General Anual en las dependencias del convento, a la que estaban convidados la totalidad de los hermanos.

A lo largo del año se celebraban otras juntas, denominadas ordinarias, que se llevaban a cabo en la casa del secretario o del tesorero, o en aquella otra que ofreciera mejores condiciones para celebrar este tipo de sesiones. A estas reuniones únicamente se convocaban a los miembros de la directiva.