La fundación de la cofradía del Cristo de la Humildad se remonta al siglo XVII. La primera referencia documental que tenemos de la misma data del año 1658 y la encontramos en la comunicación que la Cofradía hace al Arzobispado, del acuerdo tomado por la Junta en el cabildo celebrado el 16 de abril.

Uno de los puntos tratados en el orden del día, a propuesta de Pedro Gutiérrez de Canales, estaba relacionado con el derecho que algunos cofrades creían tener en llevar y acompañar todos los años, en la procesión del Viernes Santo, a la Insignia, propia de la cofradía, de Jesús Crucificado. Cada año este hecho era motivo de polémicas y desencuentros entre los cofrades.

Para evitar disensiones y escándalos, como los ocurridos en diferentes ocasiones, a la hora de sacar la Santa Imagen en la citada procesión, la Junta General, acordó, que todos los años se nombrase a los hermanos, que acompañarían a la imagen y se ordenó añadir esta nueva ordenanza a las ya existentes. Imponiendo a los transgresores, que hiciesen caso omiso de ella, las penas de censura y pecuniarias a la voluntad del Ordinario.

Este documento nos revela dos aspectos importantes sobre la cofradía. Uno, que ésta ya contaba con sus Constituciones, aunque más tarde se redactarían otras nuevas como más a delante se recoge. El otro dato que nos aporta es que a solicitud de la cofradía de Ntra. Sra. de la Soledad, que salía en procesión de la iglesia mozárabe de las Santas Justa y Rufina el Viernes Santo, se uniría al cortejo procesional la cofradía del Cristo de la Humildad con su imagen del Cristo Crucificado, por carecer ésta de ella. Este hecho venía produciéndose desde hacía varios años, con toda probabilidad desde que ésta última se fundara. Y como hemos podido comprobar, su participación en esta procesión estaba muy arraigada entre los cofrades de la de San Juan de los Reyes.

En principio, mientras no se encuentre otro documento que nos facilite otra fecha posterior, que nos aproxime más a su fundación, tomaremos el año de 1658 como referencia, aun sabiendo que su erección fue anterior al mismo, como hemos podido comprobar.

La siguiente noticia sobre la cofradía, la encontramos años más tarde en su libro de mayordomos, donde aparecen relacionados en primer lugar, los hermanos Diego Pérez de Betanzos y María Rico Aguado, ambos fallecidos, según nota marginal, en 1685. Posiblemente, a juicio del P. Antolín Abad, estemos hablando de los fundadores.

Las Constituciones de la cofradía, constan de 29 capítulos, y fueron aprobadas el 31 de enero de 1785, el principal objetivo, según se recoge en el capítulo primero de sus Ordenanzas, "es dar el mayor culto y veneración de la Pasión y Muerte de Nuestro Redentor Jesús. Ordenamos que poniendo nuestra consideración, principalmente en la profundísima Humildad que Cristo Señor Nuestro nos enseñó en toda su vida, pasión y muerte, sea la advocación y título de Nuestra Cofradía la del Santísimo Cristo de la Humildad, que veneramos en el Real Convento de Religiosos observantes de Ntro. Padre San Francisco de San Juan de los Reyes".

Las imágenes, todas propiedad de la cofradía, que acompañaban todos los años en la tarde del miércoles Santo al titular eran el "Cristo Nuestro Señor cuando ora al eterno Padre en el huerto, cuando recibió la bofetada de uno de los judíos, Cristo clavado en la cruz y cerrando la procesión las santas imágenes de María Santísima y San Juan Evangelista".

La cofradía celebraba dos funciones religiosas en honor del Cristo de la Humildad, una el día de la Asunción y la otra el Domingo de Ramos.