De esta procesión se han venido publicando, durante el siglo XIX, por diferentes autores diversos artículos que describían la procesión, al no haberla conocido ninguno de ellos, todos caían en los mismos errores al copiarse unos a otros. A continuación pasamos a dar cuenta de aquellas noticias que están documentadas. El cortejo procesional era presidido por el cura y clérigos de la parroquia de Santo Tomé y estaba acompañada por miembros de los gremios del arte de la seda, carpinteros y albañiles, portando sendos cirios junto con los hermanos cofrades y los religiosos de la VOT. Como era costumbre eran convidados a participar en ella los comisarios de las otras dos procesiones que tenían lugar en la ciudad, de la Vera Cruz y de la Soledad.

La procesión debía salir formada desde el convento franciscano poco después de las tres de la tarde. Ignoramos el itinerario que seguía el cortejo hasta llegar a la Catedral, donde daba una vuelta completa por el interior del templo, para regresar de nuevo a la iglesia conventual antes del toque del Ave María, seis y media de la tarde.

En el libro de acuerdos se recoge un hecho acaecido durante la procesión de la Semana Santa de 1776, que por su particularidad, quedó recogido en acta notarial fechada el 4 de abril, levantada por el escribano Juan Manuel Paramos.

"Certifico que en conformidad con el principal instrumento de dicha Ilustre Cofradía y virtud del último anterior acuerdo, siendo la hora de las cinco menos cuarto de la tarde de ayer tres del corriente, miércoles santo, con el debido aparato y pompa salió de dicho Imperial convento la procesión con su divina imagen y demás insignias, y habiendo andado la regular carrera hasta llegar a la Santa Iglesia primada habiéndose empezado a indisponer la tarde inmediatamente que se verificó haber entrado en la dicha Santa Iglesia el último de la procesión que es el de Nuestra Señora y San Juan, principió a llover furiosamente y dar mucho trueno y relámpagos de una nube que sobrevino, que aunque posiblemente se desvanecería, dio la procesión tres vueltas dentro de la Santa Iglesia , era ya cerca de anochecer, y no cesando la lluvia, motivo por el que las Santas Insignias y vestiduras no se echasen a perder, y que con mayor culto y decencia se pudiesen volver a dicho Imperial Convento, don José Aniceto de Cobos y yo el secretario como mayordomo por nosotros mismos e instados por muchos cofrades que iban en dicha procesión habiendo dejado el cetro, pasamos a las puertas del coro de la misma santa Iglesia donde estaba el Ilmo. Cabildo asistiendo con el Excmo. Arzobispo Señor Francisco Antonio de Lorenzana cantando las Tinieblas. El cabildo autorizó que se quedaran en la catedral los pasos en la capilla General hasta el día siguiente en que se trasladaría la procesión a hora temprana hasta san Juan de los Reyes.

En la capilla General quedaron todos los pasos de la Oración en el Huerto que no pudo entrar quedó en la nave cercana a la puerta de la misma capilla en medio, dejando paso, y en ella se disolvió dicha procesión.
Se recogió la cera y se llevó a casa del tesorero, dejando dos luces a la santa Insignia de cada paso; quedó cerrada la capilla al cuidado y vigilancia de dichos pasos de los peones de la catedral, el de la Oración el Huerto quedó fuera de las expensas de los peones.

El jueves santo, cuatro de los corrientes habiendo amanecido sereno a las siete en punto de la mañana se formó desde la capilla General la procesión, llegando a San Juan de los Reyes de la Orden Tercera , señores cofrades, muchos de los convidados de los de la tarde y la música cantando el miserere.

Esta procesión causó algunos gastos extraordinarios, la gratificación a los peones de la catedral, a los mozos que portaron pasos, a los hacheros y otros varios".

En la Semana Santa de 1806, se produjo una situación inesperada, los veedores de los gremios del arte de la seda, albañiles y carpinteros se negaron a participar en la procesión. Este hecho motivó la queja de la cofradía ante el Vicario General, ya que era prácticamente imposible que sin el concurso de estos gremios pudiera salir la procesión. Por parte de la Vicaria General se puso el hecho en conocimiento del Corregidor, quien, con fecha 10 de abril decretó una providencia para que se les hiciere saber a los veedores de los gremios citados la obligatoriedad de asistir a las procesiones de semana santa bajo la sanción de cuatro ducados. Al tener noticias los gremios de esta disposición, accedieron participar en los cortejos procesionales.